某天放学，蔡小豆回家发现妈妈给自己带回来一个新朋友，叫蓝多多，说是远房小姨的儿子，因爸妈到外国工作，要借住在自己家一段时间，蔡小豆平白无故多了个表哥。 晚上，蔡小豆意外的发现蓝多多其实是个外星人，蓝多多告诉小豆，自己所在星球被暗黑星球的人污染了环境，他被派到地球来寻找金木水火土来拯救自己的星球，他的探测仪发现目标就在蔡小豆家附近，所以暂时在蔡小豆家潜伏下来，伺机寻找。蓝多多将飞船藏到了蔡小豆的床下，蔡小豆帮蓝多多找来了金木水火土五种元素，却发现无法发挥作用，他们意识到蓝多多的任务没那么简单。 蓝多多在飞船上探测到的物品叫光芒水晶，被藏在黑心博士的实验室中，黑心博士因早年做实验被核辐射污染，身患重病，不得已跟暗黑星球的人做了一笔交易，暗黑人给了黑心博士光芒水晶，被隐藏在一个阻隔所有探测信号的盒子中，黑心博士按时要用光芒水晶制作药水给自己治病，代价是要作为暗黑星球的傀儡，不停地破坏地球。 蔡小豆在学校遇到困难，回家向蓝多多诉苦，却发现蓝多多拥有超能力，可以帮他解决问题，蔡小豆借助蓝多多的超能力工具解决了问题，却引来了更多麻烦。果果、古拉、包子三个小伙伴很快得知了蓝多多的外星人身份，却商定好为蓝多多保密。 蓝多多通过探测仪搜索，将自己要寻找的神秘元素的范围不断缩小，发现就在学校里，几个小伙伴开始帮蓝多多一起寻找，蓝多多也借助记忆消除棒的帮助，跟大家一起到学校上学，伺机寻找，同时也认识了刚猛的费劲老师，弯弯绕的薇薇老师与和蔼可亲的高校长。 黑心博士破坏地球的计划受到阻挠，经过调查发现是蓝多多的作用，黑心博士想要消灭蓝多多，两人互相斗法，却总是不分伯仲，黑心博士为了让自己计划顺利实施，开始想办法抓蓝橘唯多多，经过不懈努力终于成功，蓝多多被黑心博士扣押进了实验室。 孩子开始四处找蓝多多，没有了超能力尘伍迟的帮忙，大家终于学会用自己的力量，终于在实验室里发现了蓝多多，包子伤心的发现原来自己的爸爸就是黑心博士。蓝多派李多得知黑心博士破坏地球的原因，借助水晶的力量为黑心博士和包子治好了病，并唤醒了水晶的力量，成功挽救了自己的比特星球。 正当所有人欢欣鼓舞时，外星怪物发现黑心博士不再帮他们破坏地球，开始大举进攻，准备自己动手消灭自然环境。蓝多多一个人的力量不足以对抗外星怪物，眼看地球危在旦夕，高校长却率先站出来，唤醒了大家的力量，原来实验小学里所有的人都是外星人，是各个星球派来支援蓝多多的，大家各自发出超能力，准备于外星怪物大战一场，保卫美丽的地球。
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