梵（艾尔）[下称主角]在十年前收战争牵连失去了他们的母亲，后来被送货店的店长收养。十年后，在一次运送任务中，森培世受到异常者的干扰，主角被轰到了山崖下，就在这时遇到了这次的委托人：芙蕾妮——守护者基地的指挥官。但就在这时一条机械大蛇出现并攻击大伙，主角挺身而出，委托物品“生命金属”MODEL X受到感动与主角合体ROCK ON。打倒大蛇后，主角就开始寻找没有会合的店长，之后便顺利找到了，并且知道店长也和MODEL Z合体了。他们了解到异常者是由某社社长所操纵，于是便去寻仇了。但是他的实力太强大，拥有者初代“生命金属”MODEL V这个毁灭性的力量，连先出发的店长都被打倒。赶到的主角却要和被操纵的店长战斗。战后，店长倒下，主角也无力战斗。社长离开后，受到小兵围攻的主角此时说他想要力量，受到鼓舞的MODEL Z与MODEL X同时与主角合体，成为洛克人ZX。此后，他便去收集其它被社长抢来的4个“生命金属”，已开启MODEL V的大门，期间他了解到了芙蕾妮姐姐的事情，对MODEL V也有更深的了解。在打倒了最后的两个洛克人：潘多拉和普里米斯后（并没有阵亡），冲进去打社长。一轮激战过后，社长阵亡，MODEL V飞散，在光团中重遇店长，醒后回归现实，ZX结束。几年后，在培养槽中不小心出来的格雷和猎人的爱舍分别被潘多拉和普里米斯追击，落到“猎人营地”里，作为猎人生存下去。在第一次任务里，他们运送“生命金属”去政府总部里吉昂斯，不了受到潘多拉和普里米斯追击，这时“生命金属”MODEL A出手相助与主角合体，潘多拉和普里米斯撤退。MODEL A的能力是辅助，由此主角可以使用打败过的BOSS的力量。由于异常者的干扰，火车坏了，回到营地报告时出现任务委托人：三贤者，被告知要到飞艇那拿维修器材。经过几轮奔波，终于到达飞艇那里了，但是却遇到四天王之一的火之洛克人MODEL F，将其打倒后便知道了MODEL V的计划。修好火车来里吉昂斯的途中，又遇到四天王之一的影之洛克人MODEL P，打倒后却知道一个惊人的事实：三贤者之一的阿尔伯特就是制造MODEL V的人，幕后黑手。去到里吉昂斯，阿尔伯特露出本性，挡下了主角愤怒的一击后逃去。在剩下的两位贤者托马斯和米海尔的帮助下，主角又分别打败了西天王中的风之洛克此肢人MODEL H和冰之洛克人MODEL L，进一步了解MODEL V的计划。去到地下通道偶遇前作主角，但由于误会开打了，在获得ZX的数据后，MODEL V计划完全浮出水面。MODEL V是靠吸收人的恐惧和愤怒成长的，当成长到最后时，便会成为最强的洛克人。并从ZX那里获知，他的“生命金属”被盗了变成四天王。受到ZX的帮助，主角来到研究所，并知道潘多拉和普里米斯原来是阿尔伯特制造的洛克人，是阿尔伯特的傀儡，一直对他怀恨在心。并发现一个比他们制造得还早的洛克人。最后找到阿尔伯特，潘多拉和普里米斯出现，打倒阿尔伯特，主角再打倒潘多拉和普里米斯，被打倒的他们因愤怒反而被MODEL V吸收。此时一个洛克人出现，原来他才是真正的阿尔伯特，最初的洛克人。MODEL V吸收完毕，变成了巨大的要塞。将要绝望的主角，ZX赶到，利用他的守护者基地登上要塞。在与复活的BOSS车轮战过后，被四天王拦住，幸亏ZX相助，主角冲去阿尔伯特那里。在最后的谈话里，知道了格雷原来是阿尔伯特的备用品，爱舍则是阿尔伯特的女儿，所以他们都能与MODEL A合体。千辛万苦解决了阿尔伯特后，主角体力不支倒下，MODEL Z为ZX拖时间，把主角救来回来。平稳的生后回来了。ZXA结束。隐藏剧情：托马斯：要成为平定天地，造就新生命的神…吗米海尔：这就是最后的任务报告呀。阿尔伯特那家伙，竟然说出如此狂妄的话来。托马斯：米亥尔…你认为由我们创造新生命是种狂妄的行为吗？米海尔：你在说甚麽傻话啊…托玛斯，没想到连你也会有那种妄想呢。托马斯：为了让人类与思考型机器人有平等待遇，我们不是制定了相关的法律吗？你还记中没得吗？那是由阿尔伯特和我赞成而制定的。米海尔：你…你到底想说甚麽…？托马斯：…给予人类一个机械身体、为思考型机器人设定寿命…那麽，你认为Original成为机械身体前的肉身到哪儿去了？在设定寿命前，作为思考型机器人的Original的资料又在哪儿？（四大天王出现在托玛斯身前）米海尔：托玛斯…你…！托马斯：阿尔伯特做错了，所以我给予猎人们力量打倒他。但是…那家伙也有一句说话是正确的：『这个世界，不得不重头来过。』也就是说，MODEL Z的牺牲白费，托马斯和阿尔伯特都是黑手，只剩下米海尔老头了
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