酵母三杂交系统(three-binding hybrid system)用于分析蛋白和RNA间的相互作用。Senguptaxi等首先报道了应用三杂交系统分析金属调节蛋白(iron regulatory protein-1，IRP1)与金属反应元件(iron response element，IRE)RNA序列，以及HIV转录激活蛋白(trans-activator protein， Tat)与HIV转录激活反应元件(HIV trans-activation response element，TAR)RNA序列间的作用。
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