在光球之上的层称为色球，因为它带红色，可在日全食中看到。色球内层吸收了一些从光球来的光，而造成了太阳光谱中的吸收暗线。这种吸收之所以发生，是由于色球较下层要比光球冷。可是，色球的温度随其高度而上升，直到上边界而达1000000K。
太阳的“天气”大部发生在色球处。在氢光或钙紫光下看色球，出现称做谱斑的亮区。这些谱斑通常位于太阳黑子之上或其附近，在近太阳旦喊颂黑子的光球上，可能是光斑的伸展。
更剧烈得多的现象就是耀斑，是出台谱斑区的色球的突然爆发。耀斑会发射出高能的辐射和带电粒子。通常，耀斑形成得很快，几分钟内便达到其最高亮度，随后便慢慢地消失了。极强的耀斑会发射X射线、射电波和一群带电粒子。这种巨量的能量喷射会对失去地球大气层蔽护的太空旅行者造成很大的危险。因为这些高能辐射会穿透飞行器的外壁而损坏人体细胞。
早期天文学家已注意到：在日食的暗盘周围出现巨大的红色光环和冕流。这些冕流称为日珥。后来，称为暗条的黑长线状区，被证实为它们靠近太阳边缘时的日珥。暗条或日珥散布于太阳表面。像大多数的太阳现象一样，我们尚未弄清它们。有几种日珥，宁静的日珥可维持其形状达数月之久，而在活动区与黑子相结的日模郑珥则短命。长的日珥可伸长到几万千米，其宽度常达几千千米。它们像是由不断从日冕落到色球中的发光物质所形成，有点像地球天空中凝结成的雨，而日珥本身则会上升，有时爆炸的上升速度达每秒数千千米渗洞。
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