五影大会即将召开！五影会议在中立国铁之国举行，团藏在会议中企图用写轮眼控制会议主持推举自己为盟军首领。被水影随身护卫青识破（青有一只白眼），原来团藏绷带下的右眼和右臂是从宇智波止水身上移植而来的。这时白绝出现在会议场，打断会议，佐助在场外准备找团藏寻仇。团藏趁机逃跑，佐助仗着须佐之男跟其余几影硬拼败阵，斑及时赶到救下佐助。斑开始讲述六道仙人的故事，六道曾是十尾人柱力，临死前用地爆天星将十尾实体困在月球上，并将十尾查克拉分成九份成为九只尾兽。斑说出收集尾兽的目的：成为十尾人柱力，实行对全世界进行催眠的无限月读。随后要求忍者五大国交出八尾九尾，遭拒绝后宣布第四次忍界大战。斑带佐助追上团藏，团藏亮出右手（手上N只写轮眼），发动写轮眼禁术：伊邪那岐，但依然败下阵来。佐助写轮眼使用过度失明，斑为佐助移植鼬的双眼。同时，八尾VS鬼鲛，打得难解难分的时候雷影赶到，两兄弟干掉了鬼鲛（其实鬼鲛没死，隐藏在大刀鲛肌中被八尾带回雷隐村，执行潜入任务）。兜移植了大蛇丸的细胞，变得比大蛇丸还BT。他找到斑要求合作，使用秽土转生召唤出长门、蝎、鼬、角都、迪达拉及最后一具神秘棺材，斑答应合作。鸣人来到八尾修行的岛屿（随行人员有大和、凯和另一位上忍山城青叶），跟随八尾学习控制尾兽。在修行中，需要拉出九尾查克拉，在鸣人被九尾的意识侵蚀的时候，鸣母玖辛奈出现在鸣人的意识中（跟四代出现的方式相同），鸣人在母亲的帮助下成功分离了九尾的意识和查克拉，显现出了仙人体。接下来，玖辛奈开始讲述16年前九尾袭击事件的真相。玖辛奈来自涡之国，她是作为下一任人柱力而来到木叶村的，千手一族与漩涡一族乃是血亲，漩涡族的人擅长封印（四代的封印术是玖辛奈教的）和拥有超人的生命力（涡之国后来在忍界大战中覆灭），上上任九尾人柱力是初代火影的妻子，同样来自于漩涡一族。16年前，玖辛奈将要分娩时（即她对九尾的控制力最弱时），面具男（也就是现在的阿飞）抓准时机利用刚出生的鸣人将四代调虎离山，抓走玖辛奈强行召唤出九尾。在九尾攻击木叶的时候，调开四代并交了手（两大时空忍术的交锋），四代能够伤到他却无法打败他（用螺旋丸打断他一只手，但他拥有恢复肉体的能力），阿飞占不到便宜遂隐遁（或者说也许阿飞的目的已经达到了），四代回到战场面对九尾。四代原本可以不用死，玖辛奈准备以最后的查克拉与九尾同归于尽以保全丈夫儿子以及木叶，但四代为了今后有人能够对抗面具男，选择了将九尾的一半查克拉进行了尸鬼封尽，一半查克拉用八卦封印封印在鸣人体内，在鸣人体内设置了查克拉为了能在将来见到鸣人，然后与玖辛奈共赴黄泉。故事讲完，玖辛奈离开。鸣人完成修行，在使用九尾查克拉时会显示出仙人体（再加上仙人状态与两大蛤蟆合并，估计实力会更上一层楼），并拥有了新的能力（拥有强盛的生命力，能够感受到负面感情，得到了在一定程度上可与金色闪光媲美的速度），因此发现了藏在鲛肌中的鬼鲛，老嫌一拳打得鬼鲛吐血落荒而逃。鬼鲛在逃跑过程中刚好遇上来找鸣人的凯一行人（AB故意创造了机会给鬼和凯两人单挑，其他人被迫狗血地让道了，凯一下子就开到了六门）。鬼鲛把情报放入召唤出的鲨鱼腹中，被凯追上，于是施术出现无数鲨鱼混淆视线，由于鲨鱼数量太多朝孔雀应付不过来，凯被迫开到第七门，使出必杀技“昼虎”，鬼鲛的大鲛弹之术瞬间瓦解，截下了鬼鲛的情报，鬼鲛被秒到遍体鳞伤被俘，其他人追上，山城青叶使出与山中亥一类似的能力读取鬼鲛的记忆（来到的岛上的人个个人尽其用，AB太假了），记忆中出现鬼鲛第一次见到阿飞的场景（阿飞一直在操纵三尾人柱力四代水影矢仓，这时从水影身后现身在鬼鲛面前），鬼鲛对阿飞的忠心类似于君麻吕之于大蛇丸以及白之于再不斩（知遇之恩可以为之两肋插刀，火影中很少有绝对的坏蛋）。这时鬼鲛为了不让情报泄露咬舌以保持清醒，并挣脱束缚召唤出鲨鱼把自己吃掉了鬼鲛壮烈牺牲。鸣人等人为了确认情报里的内容，打开卷轴后中了陷阱被携带情报的鲨鱼逃脱。 另一面，阿飞去找小南要夺取轮回眼。小南准备与斑同归于尽，用纸手里剑加爆炸符炸掉斑右手，面具被毁掉一部分，脸漏了四分之一，但是没死，因为斑及时把爆炸转移了。小南使出秘术要将斑封入纸海之中。小南要用6000亿引爆符炸他，原来斑的虚体只能维持5分钟。但斑废了个眼睛用了伊邪那岐躲过了。小南查克拉耗尽，被斑用幻术控制找到了长门，然芹橡后就牺牲了。嫌含旁斑换了新的身体和面具（手和眼睛都恢复了，汗），还拿了那个大扇子，要去抓九尾鸣人。而此时兜也在进行他的另一项计划：兜转生出来的迪达拉，就等于完全的复活了，可以有完整的头脑，只是还是受到了兜的控制，也就是说，兜插得的符咒的先进性就在于可以有优先级的控制，兜是管理员，而迪达拉是一般用户，在兜不使用权限的时候迪达拉可以自由的行动，但是都一旦动用了权限。迪达拉的身体就不听使唤了，任兜使用.兜克隆出来的万蛇2号也是一个亮点。这就是说，AB也在趋向着【科技才是第一生产力】这种路线了。之后忍界大战又将一触即发。而红豆受伤被抓侦察队油女一族的那人死亡，剩下的是蝎他们和赶来的堪九郎部队佐井发现了哥哥，欧摩一对有些动摇的佐井说如果做出伤害同伴的事的话绝不原谅~勘九郎突击分队和蝎子他们火拼。。第一回合各忍者村成员精彩合作勘九郎突击分队获胜。 蝎在勘九郎的劝说之下灵魂得以超脱，将自己父母的傀儡托付给勘九郎后，秽土转生的效果也消失了。鸣人向奇拉比学习必杀技，奇拉比发现鸣人使用的螺旋丸与自己即将传授给鸣人的尾兽炮极为相似。
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