被雍正帝赐自尽。
公元1725年（雍正三年）正月，雍正对年羹尧的不满开始公开化。年羹尧指使陕西巡抚胡期恒参奏陕西驿道金南瑛一事，雍正说这是年任用私人、乱结朋党的做法，不予准奏。
三月，出现了“日月合璧，五星联珠”的所谓“祥瑞”，群臣称贺，年羹尧也上贺表称颂雍正夙兴夜寐，励精图治。但表中字迹潦草，又一时疏忽把“朝乾夕惕”误写为“夕惕朝乾”。
雍正抓住这个把柄借题发挥，说年羹尧本来不是一个办事粗心的人，这次是故意不把“朝乾夕惕”四个字“归之于朕耳”。并认为这是他“自恃己功，显露不敬之意”，所以对他在青海立的战功，“亦在朕许与不许之间”。
接着雍正更换了四川和陕西的官员，先将年羹尧的亲信甘肃巡抚胡期恒革职，署理四川提督纳泰调回京，使肆尘神其不能在任所作乱。四月，解除年羹尧川陕总督职，命他交出抚远大将军印，调任杭州将军。
十二月，朝廷议政大臣向雍正提交审判结果，给年羹尧开列92款大罪，请求立正典刑。其罪状分别是：大逆罪5条，欺罔罪9条，僭越罪16条，狂悖罪13条，专擅罪6条，忌刻罪6条，残忍罪4条，贪婪罪18条，侵蚀罪15条。
雍正说，这92款中应服极刑及立斩的就有30多条，但念及年羹尧功勋卓著、名噪一时，“年大将军”的威名举国皆知，如果对其加以刑诛，恐怕天下人心不服，自己也难免要背上心狠手辣、杀戮功臣的恶名，于是表示开恩，赐其狱中自裁。
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年羹尧之死异乎寻常，他为何被杀，至今众说纷纭。有的研究者认为，年羹尧被杀是由于他恃功骄傲、专权跋扈、乱劾贤吏和苛待部下，引起朝野上下公愤。
更严重的是，他任人唯亲，在军中及川陕用人自专，称为“年选”，形成庞大的年羹尧集团。而且，他在皇帝面前“无人臣礼”，藐视并进而威胁皇权，甚至有自立为帝之心。
年羹尧在西安总督府时，令文武官员逢五、逢十在辕门做班，辕门、鼓厅画上四爪龙，吹鼓手着蟒袍，与宫廷相似。
他还令雍正帝派来的侍卫前引后随，牵马坠蹬。按清代制度，凡上谕到达地方，地方大员须迎诏，行三跪九叩全礼，跪请圣安，但雍正帝恩诏两次到西宁，年羹尧竞“不行宣读晓谕”。
他在与督抚、将军往来的咨文中，擅用令谕，语气模仿皇帝。更有甚者，他曾向雍正帝进呈其出资刻印的《陆宣公奏议》，雍正帝欲为此亲撰序言。
但年羹尧以不敢“上烦圣心”为借口，代雍正帝拟就序言，要雍正帝颁布天下，如此僭越无度，雍正帝裂亏能不寒心。
《清代轶闻》说年羹尧被削兵权后，“当时其幕客有劝其叛者，年默然久之，夜观天象，浩然长叹曰：‘不谐矣，’始改就臣节”。
可见他还曾有过叛清自立之心，只因天象不谐才作罢。乾隆时人萧交在《永宪录》中提及，年羹尧与静一道人、占象人邹鲁密议称帝之事，一旦为雍正帝察觉，其被杀就不足为怪了。
雍正三年（1725）十二月初，有一野虎入京城至年羹尧宅，官兵赶来将虎杀死，相传年羹尧出生时有白虎之兆，故他是白虎托生，现虎死年家，显然是天令年死，雍正帝便下了处死年羹尧的谕旨。
另有人认为，年羹尧一案起于文字之祸。雍正三年二月，日月合壁，五星连珠，年羹尧表贺，本想用“朝乾夕惕”一词赞美雍正帝勤于政务，但竟将此语误写，终成雍正帝加罪年羹尧的借口之一。
雍正帝借此大加发挥：年羹尧非粗心者，将朝乾夕惕写作夕阳朝乾，是“直不欲以‘朝乾夕惕’四字归之于朕耳……谬误之处，断非无心”（《清世宗实录》卷三十）。
于是待时机一到，即下手除掉年羹尧，他兄粗今朝廷及地方官员检举其罪状，最后刑部等衙门定他有九十二条大罪，应凌迟处死，雍正帝故作仁慈，宽令其自裁。
参考资料来源：百度百科——年羹尧
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