水巨蜥幼体有鲜亮的斑纹，并且大多数时间栖息于树上。水巨蜥比大多数其他巨蜥体温低，小环境使得它们能保持相对恒温。它们的代谢也比其他巨蜥慢，一天的大多数时间都躺在水岸附近并且在清晨活动。晚上埋枯颂躲藏在树洞、洞穴或厚植被中。水巨蜥的洞穴到处可见，不同地方的水巨蜥有不同的活动习惯。
成年水巨蜥一般生活于热带和亚热带的红树林、沼泽、山区的溪流附近，常到水中游泳，亦能攀附矮树。以小型哺乳动物、两栖类、爬行类、鱼类、蛙类和腐尸为食，性情凶猛好斗。6～7月份产卵15～30枚于岸边洞穴或树洞中。
虽然水巨蜥的体型长达2米，但它对人类——尤其是孩子特别温顺，完全没有任何攻击性。全世界至今尚无一例水巨蜥（包括野生的和家养宠物）的伤人记录弯郑。
除了温顺，水巨蜥还有另一个很独特的特征——就是干净。多数巨蜥身上带有大量的细菌，但水巨蜥却没有，所以它非常的干净。而且在所有蜥蜴中，水巨蜥身上的细菌是最少的，身上的的细菌数量仅为30个/平方厘米。水巨蜥只带有极少量的细败模菌，所以孩子和它亲密接触时，完全不用担心卫生的问题。
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