1、方舟子设立新语丝网站，通过发表自己的文章以及刊登网友文章，揭发中国科学界和教育界的学术腐败现象，批判新闻界的不真实报道，以及批判基督教、伪科学、伪气功、伪环保，批评中医等。
2、是许多知名平面媒体的专栏作家，并且出版过一些以科普和反学术腐败等为题材的著作
方舟子简介：
崇拜鲁迅，是个理想主义的践行者。
中科大本科毕业后在美国十年接受硕士博士教育并从事五年的博士后研究，有着很好的教育和学术背景，在两千年左右回国，发现国内出现大量的造假，出于看不惯的义愤和本身性格的执着，开始揭露各种学术造假，并从事科学普及工作。写了二十多本科普和文化著作，开办著名的揭露学术造假的网站“新语丝”。下面主要谈一下对他的争议：
1、由于方的铁面无情和直面抨击，使得各类有着造假嫌疑的利益团体对其咬牙切齿，其中包括中医，保健品，各类学术团体，宗教团体、卖有机食品等。
2、方擅长攻击虚假谣言和错误常识，而谣言的产生和传播一定有民众心理需求的土壤，如转基因谣言来自民众对政府食品安全问题的担忧，坐月子虽无科学根据，但来自民间习俗和惯性思维。因此，无法以科学来判断“是非”的民众普遍以道德的尺度认为方是为“恶”说话，维护“恶”和攻击“善”的人。
3、普遍国人对这样性格和具有这样价值观的人也无法认同和理解，把他的动机犬儒的解释为炒作。
4、方舟子也讨厌以占队和立场判断是非，所以社会的左派和右派也都把方舟子看成异类和眼中钉。
5、方执着于打击社会上各领域爆的大名的文化偶像，包括韩寒、李开复，唐骏等，认为这些人出名途径存有造假。这也使得他受到这类粉丝的围攻和谩骂，被认为是最不受欢迎的人
6，由于其鲜明的科学主义立场使得很多在人文学科中试图调和科学与哲学关系的一些学者对其也有所抵触。
7、除此之外，从方的经历来看一直都在大学研究院，并很早混迹于网络，是中文网络的先驱，没有在中国社会“混世”的经验，因而有着极为少见的不讲面子和不理人情世故的人生态度，同时较好的学养和品格使得他骨子里有着文人的清高和骄傲，看不起世道上的常见的投机和钻营，有时在中国这也是必要的生存之道，因而，这使得很多原来与方交好并无利益冲突的人，也对其这种直接和骄傲的态度和性格十分不满和不适，进一步产生矛盾和摩擦，最为典型的是罗永浩和王志安。崔永元最先和其交恶也在于此，一直备受赞誉的崔无法忍受方在科学问题上对他直接和骄傲的回击。
这多方面原因使得方一直被各种争议包围。被认为是中国得罪人最多的人。但他似乎并不在意，严密的逻辑思维和极佳的学术素养是其依傍的根本，因此，他认为在真和假之间不存在模糊和妥协。他不在乎谤满天下。他是个特立独行的人。
关于对方舟子一些质疑的回复：
第一他的遇袭案，已经证明确实是肖传国所为。这个从判刑就可以看出，但是不能因为没判重刑就说肖传国没打人，因为公安机关调查的过程中，发现肖传国确实雇凶了，只是没想杀人，所以定的罪名是“寻衅滋事”，判了五个月。
第二、关于肖传国的“肖氏反射弧”，因为没有经过科学论证和严格的临床检验，被国家已经明令停止了。至于方舟子说没有一例被治好的，是站在严谨的论证上的。比如有一个人得了癌症，他知道后，拿钱出去旅游了一趟，回来后，发现癌症好了，这并不能说明旅游能治疗癌症一样。我们知道肖氏反射弧还致残过很多人，也有人提出来要肖传国赔偿的，只是那家医院不在了，诉讼主体不在了。
第三、质疑他不务正业的，我想说鲁迅先生“弃医从文”，人家干什么我们是不是不应该干涉。科普的意义我觉得在当今中国意义也非常大。
第四、打假基金问题。如果公布出来，方舟子拿这个基金吃了顿汉堡包，网友会怎么说？难道人家不能吃饭，他也是人，也要吃饭，拿安保资金吃个饭，我觉得没什么吧，而且有人愿意给，那是捐给方舟子安保用的，别的人质疑就像我质疑一个人为什么要给另外一个人钱一样有趣。我管人家干嘛，反正那个钱不是骗来了的，大家都知道是给方舟子花的。
当然其律师据说用安保资金买车了，网友发现了，这个嘛，首先要看这个律师的工资有没有被支付，其次是这个律师的车花了多少钱，比如在北京那样的消费水平下，其律师多次帮方舟子打各类官司，而方舟子又没钱支付其工资，通过这个手段，不管法律怎么认为，我个人认为可能情有可原，毕竟那笔钱放在银行也是贬值，网友希望方舟子继续打假的，打假还要打各类官司，包括帮被肖氏反射弧骗的那些人，律师都要劳心劳力，给律师了一辆车，我觉的也算是打假的用途吧！个人观点，您自己斟酌。
第五、刘菊花论文抄袭。是谁在做鉴定，鉴定的90%为抄袭？有没有鉴定证书。而且有没有当时国家的抄袭标准，如果确有抄袭，授予其学位的大学应该出面收回其学历证书才对，现在那个大学没有提出收回，我觉得我们不能质疑是大学所有的领导层被方舟子收买了吧，肯定是根据当时的标准或者当时的版权意识，真的不算抄袭。
第六、关于拒绝参加“肖氏反射弧”电视节目邀请。首先，很多人看电视是用来娱乐的，比如还有一些电视台雇人在电视台家长里短的表演婆媳关系的，方舟子出席电视台需要看这种节目是不是娱乐的，还是确实是“正经节目”。如果什么生育保健节目邀请方舟子去谈“性健康”方舟子也必须去吗？不去就是性不健康吗，这种说法太荒唐了。而且就算去，方舟子肯定会说，“肖氏反射弧”没经过科学论证，不能推广的，推广了会致残，甚至致死的。就这一句，但是对方可能会拿出《本草纲目》、《黄帝内经》〉、邻居张大爷的经验、还有一些莫名奇妙好了的病人来攻击他，重点是这些病人没人验证过是不是自己好的。还有必要去吗？是我也不去。
第七、质疑其人品。我觉得我们还是不要给人戴道德的大帽子了，不能因为其有点问题，我们就否定整个人的贡献。而且他很多都说的很对，只是对虚假太过“追求完美”不懂得水至清则无鱼这样的道理吧，比如韩寒的身高问题，我觉得没必要提，我听到也会很生气的。
最后，对百度网站上的好评和差评数，以及网络上谩骂，我觉得首先百度不能代表一切，谷歌也有，知呼上也有，还有很多人是比较忙，也不敢公开支持或反对方舟子，所以我们都匿名。而且看百度知道并不是探讨学术的地方，我觉得可以去别的地方了解方舟子。我是个闲人，看到楼上有人说方舟子的话，随意对付两句，大家自己甄别，不过口下留情，脏话的不要，注意素质。最后，祝愿伟大祖国繁荣昌盛，骗子少一些，社会就会更和谐！打假的多一个，骗子就忌惮一点。
一个垃圾！！正如文坛所说，不过是跳梁小丑罢了。
由于病情严重，鲁若晴只能以几乎一天一条微博的速度进行更新，鲁若晴将自己生病、治疗的过程和心情发在微博上，时而坚强，时而伤感。她的微博经“作业本”等有影响力的微博博主转发后，引起网友和媒体的广泛关注。韩红、范玮琪等明星也在5月20日“520我爱你”的日子里为她鼓励加油。但收获关爱的同时质疑声也随之而来，网络名人方舟子质疑鲁若晴微博是否由本人维护，其背后是否有一个策划团队。 5月21日，在受到广泛关注还不到两天的时间里，鲁若晴删除了以往的50多条微博，并在之后的微博中说，“谢谢各位对我的关心，我能感受到大家对我的爱。但已经对我的生活造成困扰，暂时想清静一下。谢谢。”但是2012年5月27日，央视正式报道鲁若晴事件，证明没有营销团队，没有炒作，没有募捐，所有微博都是她带病所写。2013年9月19日，鲁若晴离世。但方舟子从未为此进行道歉。
网站的主编，说他有才，他又无德，尽说些没人格和教养的话来，说有德，他又无能，借着朝廷的东风以打假为名，四处炒作。
以前出版过很多作品，但没人鸟他，后来为了炒作而发表论文，名气才稍有提高，可那些听众都是些人云亦云的货色，方舟子就是靠忽悠这些不动脑筋的货色红遍网络的，当然，其中也借了朝廷整顿官场的东风，他以凡事都要提出质疑，和“不畏强权”而炒出威名，不过质疑的都是没背景或无关轻重的人或事，有背景的或事关重大的一点也不敢碰，这样的喷子居然有网民说需要多多益善。
最后，有人质疑他污陷别人了，质问他他却装比，一笑而过，和人辩论他反而说一套做一套，只要有看过他当年发表论文的网友都明白，有文化的伪君子不可怕，可怕的是有文化的无赖。
现在我都懒得理睬这种跳梁小丑了，忽悠忽悠愣头青尚可，骗骗热血的纯男纯女也行，等整顿时期一过去了，不出两三年，他自会消失在媒体中，成为“传说”中的打假人物。
做为海龟，文化和见识永远要比受封闭洗恼的国人要多得多，而这真正需要他们来揭发或者批评社会，事实却一个都没有，纯垃圾而已。
先说说他的来龙去脉：他从小是个优秀学生，大学毕业后去美国留学，是理工科的，读到博士。但是呢，除了读书还不错之外，他在学术上毫无建树。他自己的说法是不感兴趣，不想呆在实验室里研究，要做自己感兴趣的事情。他究竟是没兴趣，还是没有做科研的能力，这就见仁见智了。总之方舟子没有选择做科研。一个生化博士，不做科研，他的路怎么走呢？方舟子的选择是怎样？他先后搞过网游，搞过文学，卖过书（包括中医书籍），开过一个叫做新语丝的网站……反正他做的事情挺杂的。也许是他兴趣广泛吧。方舟子在学术上没有建树，在其他他所涉猎的领域，也没有做出过什么为人瞩目的成绩。虽然他是留美博士，他的文字功底算是不错，网站也开起来了。但即便有这些，依旧是个普通人，一个聪明、兴趣广泛的普通人，不是吗？可他渐渐为很多人所知晓，是什么原因呢？他以什么出的名？两个字：打假。方舟子最早的打假据他自己说，是看不过一些假药广告。正好他是生化专业的所以能够识破那些假药广告中的伪科学嘛。于是在网站上对它们进行了揭露。然后呢还在网站上欢迎网友举报社会上的各种”假“。渐渐地，方舟子的打假范围越来越大，从假药保健品类到有学术问题的学者，从跟他生化专业相关的东西到非他专业的东西到邪教，到说假话的名人。不说包罗万象吧，那也是五花八门。渐渐地，他就被人誉为“打假斗士”。在中国这种假货遍布的社会有这样一个天天打假的人。这至少是很多人早先对他的认识。方舟子本人在接受采访的时候多次说自己“对真相有洁癖”……虽然在2010年之前，也有对方舟子反对的声音（骂或者是批评），但是从主流上来说，对他都是比较肯定的。2010年他还获得了感动中国十大人物奖。他大概是从2010年开始名声随着几件事情逐步扩大的。一开始是遇袭案，2010他遇袭造成轻伤。后来凶手被抓。然后牵扯出医学教授肖传国。当时媒体和大众普遍认为肖传国为方舟子遇袭案幕后指使，因被方舟子打假生恨，雇凶杀人。之后方舟子“打假”唐骏、乐嘉、李开复，这几位都是商界或者娱乐界的名人。方舟子在新浪微博上的粉丝数量因此剧增。后来就是打让他“名声大噪”的韩寒。由于韩寒的影响力了得，他所“揭露”的问题又让人匪夷所思。这件事没有如同以往，方舟子打假谁，谁就被公众较为一致地认定为“假货”“骗子”，而是让方舟子遭到更多的质疑。事件引起广泛关注后很多人才开始发现：方舟子打假的逻辑方式存在严重的问题。例如对于韩寒，先判定，或者说质疑，署名你的作品不是你写的！然后请韩寒自证清白，如果你不屑回答，或者种种原因没有及时自证，那么对不起，方舟子先生就可以将之视为你心虚。你回答不了，你作品就为别人所代笔！方舟子的种种打假方式，在此我不评判对错。但事实是大多数人不能接受。这一点从当时各大网站的投票结果就能看得出。因为这件事，方舟子本人人格受到极大质疑，随之浮出水面的问题极多，比如：方舟子的”安保基金“”打假基金“被指账目有问题。方舟子妻新华社记者刘菊花被指硕士论文几乎全文抄袭，且学历造假。方舟子被指所出版的科普作品严重抄袭……当然，需要说明的是这一切的指责、质疑，方舟子先生本人都是不承认的。按他的说法都是对他的污蔑。为了严谨，对这些事不下结论。只能说一些事实，供大家见仁见智。方先生对于要求他公开他的基金（他先后成立过两个基金接受捐款用于他的人生安全保障和打假）用途的态度是：先后以“没有捐款的就无权要求了解基金用途”和称基金不是他参与监管的，所以不要问他，这样的理由来回应。基金监管小组成员：司马南，何祚庥，还有另一个人，一共三人，均为方舟子好友。除了方舟子的律师彭剑坚称基金没有问题，称“在合适的时候会考虑公开”外，至今近二年来没有做出任何公开。另外据调查，方舟子一年名义上用于安保的金额为59万元。对于妻子刘菊花论文抄袭的指证，方先生的态度是：除坚称按照刘菊花写论文时的国家标准不算是抄袭。但从我们可以看到的证据（刘菊花硕士论文相关网站可以下载到），不管论文标准如何，刘菊花论文与他人文章雷同程度高达90%以上。此外方先生还称，这是由于他常年打假，被他打的人报复不了他就报复他妻子，此举非常之下作。如果谁侮辱伤害他家人，他就要报私仇。对于对方舟子本人作品抄袭的指责，方先生的回应是：按照科普作品的标准，他的文章不算抄袭。值得一提的是，方舟子曾打假青年作家蒋方舟抄袭，证据为一个段落，内容与龙应台的文章某段落有约为50%的雷同。这也是方舟子判定蒋方舟抄袭唯一拿出的证据，一个60字左右的段落。而方舟子本人的甚多作品，与早前中外他人的科普著作、甚至百度百科有不同程度的雷同。雷同度较高的能达到90%以上。对此方先生的解释是：科普作品和其他文学作品的标准是不同的，他绝不算是抄袭。由于方舟子本人的人格和打假方式遭受质疑，此前被他打假的案件有些也被许多人重新审视。比如关于医学教授肖传国的打假。此前提到，肖传国在2010年被认为是方舟子遇袭案的幕后元凶。但如今仔细看来颇为蹊跷。如肖传国雇凶为实，应被判以重刑，为何肖传国却被拘禁仅仅五个半月，更令人匪夷所思的是肖罪名居然是“寻衅滋事”罪。肖传国的说法是，自己冤枉，绝无买凶和指使行为。并称法院没有任何能证实他犯罪的证据。目前正在申请重审，等待法院回应中。方舟子则称肖传花10万元雇凶杀人。原因是肖传国被他打假，心怀怨恨，并要“杀人灭口”。方舟子曾打假称：“肖传国的肖氏手术无一例成功。” 这是自09年方舟子被法院强制执行，从妻子刘菊花账户中划走四万元赔偿肖传国名誉损失之后，被方舟子各处散布的言论。（方舟子05年被武汉江汉区法院判为侵犯肖传国名誉，判罚向肖传国道歉，并赔偿肖三万元，方舟子拒不赔偿，并羞辱法官法院。直到09年法院对其进行了强制执行）但仅从多家电视台、视频网站中的采访我们可以看到：确有数位肖氏手术成功患者。成都电视台播出的一档节目中更正了此前某节目对肖氏手术的一次不实报道，并最后称所谓“肖氏手术无一例成功”的言论是无论如何都不成立的。真相究竟如何外人难下定论，但就当事人而言，肖传国对关于媒体或大众质疑、采访表现出的是欢迎、积极回应的态度。而方舟子先生的态度却颇为回避。虽然方先生也曾有过在微博上就肖氏手术问题表示“上视频网站公开对质，敢不敢？”但得到肖传国的应允之后方先生却称“要我和雇凶杀我的人对质，你们是不是人？“称自己从没说要和肖传国这种人对质。说的是要和某电视台领导（那家电视台做过关于肖氏手术的节目）对质。但没想到的是，方舟子点名的某电视台领导赵某欣然应允之后，方先生却不再回应。此外，方舟子拒绝多家电视台关于公开谈肖氏手术的邀请，并在微博上对多家采访过肖传国的媒体进行斥责，甚至谩骂。例如斥深圳电视台为“肖传国的托”“下作、没良心”“最无耻的电视台”…………记得方舟子先生曾在某节目中回应“如何面对质疑他打假的人”时说：“我想举这样一个例子：我走在街上，看到小偷太多了，实在看不下去了，于是我就抓住了一个小偷。可有些人非但不指责小偷，反倒来指责我：你为什么抓这个小偷啊？为什么不抓那个小偷啊？为什么用左手抓小偷不用右手抓小偷啊……”打了这个比方之后，方先生颇为凛然地说：“对于这种人，理他干什么？根本不要去理这样的人！”我不知道方先生的这个比喻说服过多少人，引起过多少人的共鸣。按方先生的意思：你们不打假做好事也就算了，我打假做好事，却还要受到你们的质疑？！但借着方先生的例子稍微深入地想一下。质疑一个抓小偷的用“左右手抓小偷”或许可笑，但并不是所有的质疑都如此浅薄无聊。比如质疑抓小偷的态度粗暴，将小偷打残打死这也是毫无必要的吗？又比如质疑抓小偷者自家人在街上偷，他却无动于衷，人们就不能问问究竟是没看到呢，还是故意看不到呢？尤其是，如果抓小偷的这次看错了呢？甚或是故意看错呢？不可否认，抓小偷也好打假也罢，从某种意义上说确有积极的社会意义。但是我们不能单纯的以“好事”一言概之。好事就不可能变味，甚至变为坏事吗？会不会有这么一个人，靠着寻常途径取得成功太难或太慢。而聪明的他恰巧看穿了人群的某些缺陷。于是故意抓几次小偷，成为反扒英雄，而后将旧仇人、新仇人，统统打为小偷……因为他一旦成为出名的反扒英雄，反扒斗士，无论他指着谁，高喊一声“小偷！”，不管那人是不是真小偷，结果都可想而知。抓小偷、打假原本是好事，但不是没有可能成为坏事，甚至是很大的坏事。
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