区别如下：
1、FORM E是适用于中国—东盟自由贸易区的优惠原产地证书，FORM A是发达国家（欧洲、日本、加拿大等）给予发展中国家的关税普遍优惠的原产地凭证。两者适用范围不同。
2、FORM E是中国-东盟自由贸易区优惠原产地证明书，该证书的正本和第二副本应由出口人提供给进口人以供其在进口国通关使做拍帆用。
3、FORM A 是普惠制原产地证明书格式A，它的全称是《普纯雹遍优惠制原产证明（申报与证明之联合格式）格式A》，英文为：GENERALIZED SYSTEM OF PREFERENCES CERTIFICATE OF ORIGIN（COMBINED DECLARATION AND CERTIFICATE）FORM A，它是受惠国的原产品出口到给惠国时享受普惠贺前制减免关税待遇时必备的官方凭证，所有的给惠国都接受。格式A证书由受惠国出品商填制申报，受惠国签证机构审核，证明及签发。
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