卓一航跌入悬崖后谷底奇遇，遇到凌慕华，凌慕华得到能够治疗天狼剑走火入魔的“飞花逐蝶”，为了赎罪，将其连同优昙花传给卓一航，让他去救霓裳。但此武功是霍天都为了救凌穷其一生所研究，需一命换命。凌无憾而终。卓一航回到武当，以筋脉寸断之身经受了考研，假托照顾白石师叔，暗中运功替白石调息，白石日渐好转但消蚂仍做好伪装。大师兄败露杀小师弟，小师弟临终前发出信号。黄叶杀白石，却被制服，白石、卓一航赶来，卓一航空有一身武功痛失小师弟。大师兄带小师妹逃去锦衣卫，黄叶殿后，以死报恩；岳明柯以锦囊离间大师兄与慕容冲，大师兄带小师妹离开锦衣卫与岳会和，慕容冲出现抓住小师妹，要大师兄交出锦囊并带岳的人头。耿少南重创岳，并致其失明，关键时刻，珊瑚冲出，与岳一起跳崖，所幸落入水中。岳不愿连累珊瑚偷偷离开，珊瑚说明岳，两人互表心迹，找到了生命中最重要的人。耿少南拿到锦囊才知赢得天下也不如小师妹珍贵，找到慕容冲，心系小师妹被偷袭受伤，扔出锦囊救出小师妹。小师妹原谅师兄，劝他回武当。大师兄怀念武当的恬静生活，深知罪孽深重无法回到从前，最后请求小师妹打掉孩子以逃避朝薯桥告廷。小师妹劝他一起归隐，大师兄前往明月峡了结一切。慕容冲被卓一航废去武功，筋脉尽断，毁掉锦囊，交至朝庭手中，后慕容冲以谋逆罪被处以万箭穿心。卓一航耿少南决战，少南不敌，卓一航不忍，少南为赎罪自己死于明月峡巨刀下。小师妹未打掉孩子，卓一航将其安置在隐蔽的地方，小师妹和孩子归隐。珊瑚和岳明柯隐退，但雷儿却说要和他们生活在一起。白敏数明和书生一起治理明月峡。卓一航前往雪山，与霓裳决战，实则是以飞花逐蝶解救霓裳。霓裳白发转黛，卓一航白眉鹤发，霓裳方知真相。电视剧中有2个情景为开放性结局，一个是卓一航躺在霓裳怀中死去，霓裳隐退江湖，一个是2人隐居幸福的生活在一起。
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