目前海洋蓝洞的成因有两种类型，即石灰岩溶洞成因与珊瑚礁生长结构成因。石灰岩溶洞，即冰川时穗伏期因海平面降低，石灰岩受到溶蚀作用，在下部发育成为大型的空洞，当溶蚀空洞越来越大，就造成了顶部塌陷而形成一个边缘陡峭的大洞，称为落水洞。当冰川期结束之后，海平面上升，海水重新灌入这个落水洞，便成了大家看到的蓝洞。珊瑚礁生长结构型是20世纪90年代后期提出的，其中最典型的为澳大利亚西南外陆架的豪特曼-阿布罗尔霍斯珊瑚礁蓝洞。自距今1万乱桥年的全新世以来，该海域的珊瑚礁生长迅速，许多快速生长的较小尖礁形成棘状突起并聚集在一起，最后形成近似圆形的洞。蓝洞深处是低氧或缺氧环猜陪携境，又缺少阳光，支撑海洋生命存在的机制仍待探讨，特别是缺氧状态下的微生物群落、微生物基因，都是值得探索的课题。
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