pull-down 和co-IP的区别如下：
区别一：
Co-IP作用：
Co-IP，证明两个蛋白在胞内有相互作用，但是这个作用可以是直接相互作用，也可以是形成复合物后的间接相互作用。
区别二：
pull-down作用：
pull-down，胞外纯化蛋白后证明两个蛋白颂带之间有相互作用，这个相互作用必然是直接相互作用。
区别三：
Co-IP，in vivo作用：
Co-IP，in vivo，可以证明两个蛋白在体内至少会形成复合物，但不能确定是否是直接野森芦相互作用的，这就必须借助于pull-down了春桥，两者缺一不可。
区别四：
Co-IP与Pull-down的结合：
pull-down一般只用一个带GSTtag的重组蛋白，与目的蛋白进行孵育，最后用结合GST的Beads拉下相互作用复合物。
co-IP一般是用某一蛋白的抗体，在细胞裂解液中与相应的蛋白结果，用Protein A/G将抗原抗体复合物拉下，最后在拉下的复合物中检测目的蛋白的实验。
Co-IP与GSTPull-down，本质上都是亲和层析。
假设要研究M蛋白能否与N蛋白互作。
Co-IP技术的原理是，用一个小磁珠，上面偶联着A/G蛋白，该蛋白可以与抗体的恒定区结合。在Co-IP的结果图中，我们经常可以看到IP：M这样的字样。IP：M代表着，体系中加入了M蛋白的抗体。
则一个拉一个，小磁珠上会结合有A/G蛋白-M蛋白的抗体-M蛋白。若M蛋白与N蛋白有互作，则N蛋白也会在小磁珠上，最终被检测到。而如果M蛋白与N蛋白没有互作，则N蛋白不会出现于小磁珠，最终无法检测到N蛋白。
而对于GST Pull-down，假设要研究M蛋白能否与N蛋白互作，该方法需先将M蛋白与谷胱甘肽巯基转移酶GST构建成融合蛋白，之后在谷胱甘肽亲和层析柱中上样，令M蛋白结合于层析柱。再将N蛋白过柱子，若层析柱最终结合有N蛋白，则代表M蛋白与N蛋白可互作。
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