首先是整个剧情：整个故事是围绕人类补完计划进行，TV版结局是从意识上进行的（因为制作组没经费了 ）而剧场版是从故事上直接进行的，很显然人类补完计划就是让所有人的灵魂合而为一，本来这个认为应 该是由主角爸爸完成的（我认为如果真的是他的话应该就BAD END了），但是零最后选择了主角，自然主 角就成为了人类补完计划的关键，在计划刚进行时主角是同意的所以计划开始执行，所有人类都被迫变成 了LCL液体，不管自己愿意不愿意，因为是灵魂合一所以都看到了自己最想看到的人或事，而那些EVA系列 的9台机被破环都是计划进团迟则行的仪式道具。但在不知过了多久，主角觉醒了，知道了真实的意义，承认了 AT立场（也就是人与人之间的心里隔膜）的必要性，所以仪式开始崩溃，EVA系列的9台机被破环，计划崩 溃，而此时计划的强制性被取消，所有有心想活在现实里的人都可以复活从LCL之海里，所以主角是从LCL 之海里出来的而不是初号机上，而明日香因为在之前对战的EVA系列9台机时已经明白了，所以她在强制力 消失后也马上覆原，而其他人还沉浸在虚幻中还没能复原。对于主角和明日香是因为在EVA中才逃过了合 一这个说法我不认同。
关于主角最后掐明日香：我认为是主角看到了零后面零旦御又消失了，是零因为怕主角孤独一人而复原但看到 了明日香也复原了，所以放心了又变回了LCL液体（因为对于零来说对主角的不放心是她唯一能存在于世 的理由），主角也发觉了是这个原因所以想掐死明日香，因为他本来喜欢的就是零，（而且可能在之前的 那个梦中他本来就想掐死明日香，可能他的还没清醒），但是在明日香摸了他后他就认清了现实而松手了 。本人认为只要是想变回原型的人都可以复活。
这个动漫名气太大，您可以去eva吧看看，有各种很深刻的分析帖
Tv版的结局意义不明，主要是制作公司资金缺乏导致，基本上意思就是人类思想的补完，以真治为例子。想知道正统结局可以看后出的剧场版Air、真心为你。正统结局是Eva初号机成神，人类补完完塌棚成，人类大全灭，只剩下真治和明日香活下来了。其实Eva初号机的灵魂就是真治他妈，父亲想和Eva一起成神，结果凌波背叛，他父亲就没成神了
你讲的是漫画版结局吧，这个结局的意思是 在碇真嗣的愿望之下进入黑之月的人的灵魂再次返回地球，世界得到重置。原本第二次冲击后世界只有夏季，而此篇场景为冬天就说明了只一点。人与人的关系也重新开始，因此真嗣与明日香不认识也是自然。
1楼 S B
2楼有些错误
3楼错误
26集是95版本的原版，30集是03的重制版
其中21和22、23和24、25和26、27和28这几话的内容基本都一样，就改了几个画面，并提高了画质（前面的单数（Onair）内容和后面的双数内容是基本一样的，双数（Video）就是03重新制的版，单数是95的版本）
29和30对应原TV版的25和26
而前面的20话并没有改变
如果你看03版的，你看前面20话加后面的22、24、26、28、29、30就可以
如果你看95版的，你看单数就可以（你可以理解为30集的包含26集的）
所以不存在连线的上否，而是取决于你自己想看哪个...内容都一样的..就几个画面而已...
EVA分 95版本和03重制版
95版26话，03重制作版有30话
其中21和22、23和24、25和26、27和28这几话的内容基本都一样，就改了几个画面，并提高了画质（前面的单数（Onair）内容和后面的双数内容是基本一样的，双数（Video）就是03重新制的版，单数是95的版本）
29和30对应原TV版的25和26
而前面的20话并没有改变
所以03和95的结局都是一样的，都是以真嗣个人内心的补完过程而结束
而真正的结局在剧场版《AIR、真心为你》里面，此剧场版上半部分《AIR》对应原TV25话，《真心为你》对应原TV第26话，以所有人的补完而结束（最后是失败了）
TV版的25，26话由于GAINAX后期制作经费短缺的问题，监督庵野秀明就用大量的原稿和线条画拼凑了一个25，26话，内容就是在给碇进行补完，大量的内心独白，没有特别的意义，完全是在凑进度，那时TV版是画一集播一集，现在讲就是烂尾，不过在EVA就是神棍式的结尾。EVA真正的剧情结尾是在TV版动画轰动日本后，为了把剧情完整的叙述完，在97年推出的剧场版THE END OF EVANGELION里分了~AIR~和~真心为你~2个部分，分别对应TV版的25，26话，这就是所谓的真25，26话，到此EVA的剧情就完全结束了。
EVA最先出的是动画，漫画是动画出完后猜才开始连载的，现在出到第12本，贞本义行画的，不过在情感细节处理上和动画有些不同，因为加了贞本义行自己对动画的理解。不过90%情节还是相同的，情节走的是新剧场版以前的路线，去掉了TV最后几话的独白，直接转到NERV总部被SEELE袭击，目前连载中~
比如哪些方面呢·····
就是世界轮回了一次，他们两人之间从头开始了...
他的结局其实是在 剧场版真心为你 里
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