已经造成生态危害，对人类的危害是在观察之中，一旦造成大面积的危害，挽回将成为幻想。 1999年，美国康奈尔大学的研究者约翰?洛希在英国《自然》杂志上发表报告，用涂有转Bt基因玉米花粉的叶片喂养斑蝶，导致44%的幼虫死亡。 2004年，瑞士联邦技术研究院踢球植物学研究所海尔比克教授发现，先正达研发的转基因Bt-176玉米中，用来毒杀欧洲玉米螟的Bt毒素，无法分解，最终毒死了奶牛。 2005年5月22日，英国《独立报》又披露了知名生物技术公司“孟山都”的一份报告，以转运态基因食品喂养的老鼠出现器官变异和血液成份改变的现象。 2005年的11月16日，澳大利亚联邦科学与工业研究组织（CSIRO）发表的一篇研究报告显示，一项持续4个星期的实验表明，被喂食了转基因豌豆的小白鼠的肺部产生了炎症，小白鼠发生过敏反应，并对其他过敏源更加敏感，并据此叫停了历时10年、耗资300万美元的转基因项目。 2006年，俄罗斯科学院高级神经活动和神经生理研究所科学家伊琳娜?艾尔马科娃博士研究发现，食用转基因大豆食物的老鼠，其幼鼠一半以上在出生后头三个星期死亡，是食用非转基因大豆老鼠死亡率的6倍。 2007年，在奥地利政府的资助下，泽特克教授及其研究小组对孟都山公司研发的“转基因抗除草剂玉米NK603和转基因抗虫玉米MON810的杂交品种”进行了实验。在经过长达20周的观察之后，发现转基因产品影响了小鼠的生殖能力。 2007年10月和11月，美国《纽约时报》等媒体报道，经过长期周密跟踪观察，发现有两种转基因玉米种植导致伤害蝴蝶生存，对生态环境安全的威胁程度已经超出可接受水平。为此，欧盟已经做出了初步决定、禁止该转基因玉米的种子销售使用。2007年，法蔽启国科学家证实，孟山都公司出产的一种转基因玉米对人体肝脏和肾脏具有毒性。 2008年，意大利的科学家发表了一个长期实验的研究结果。他们用抗草甘膦转基因大豆喂养雌性小鼠长达24个月，结果发现食用转基因大豆的雌性小鼠肝脏出现异常。 2008年，美国科学家也证实了长时间喂食转基因玉米，小白鼠的免疫系统会受到损害，该研究成果发表在同年《农业与食品化学》杂志上。 2009年12月，法国科学家发表了新的研究结果并证实，孟山都公司出产的转基因玉米对大鼠的肝脏和肾脏具有毒性，这些副作用是性别依赖的、也时常是剂量依赖的；其他副作用也见于大鼠的心脏、肾上腺、脾和造血系统。 2010年4月16日，俄罗斯科学家公布了新的独立研究成果，进一步证明仓鼠食用转基因大豆三代就会绝种！ 2010年2月，中山大学化学与化学工程学院的5名研究人员，发布了他们的研究成果，转基因大米成分发生了非预期变化！研究成果发表在英文学术期刊“农业与食品化学杂志”。中山大学研究人员发现，转基因大米的营养成分和物理性状发生了非预期改变，其中蛋白质、三种氨基酸、两种脂肪酸、两种维生素及其他数种元素出现了非预期的构成变化，并且可能与基因的转入有关，转基因大米对人体的安全性需要做进一步的研究。转基因食品营养成分和结构的非预期变化，引起了各国专家的警惕。 2009年5月，美国环境医学学会发表声明，对美国政府对待转基因食品的“实质等同”原则表示质疑，称动物试验表明，转基因食旁并源品会导致动物免疫系统失调，造成不育、加速衰老。该声明强烈建议医生不要让他们的病人食用转基因食品，并教育民众尽量避免食用转基因食品。 转基因除了给人类健康带来巨大威胁，在已经种植转基因作物的地区，转基因作物已经造成了巨大的生态灾难和社会灾难。 目前，转基因农作物中应用最广泛的种类是转Ht基因和转Bt基因，转Bt基因使作物具有抗虫的特性；转Ht基因使作物具有抗除草剂的特性。 抗虫特性的实现是把一种土壤细菌——苏云金芽孢杆菌的一段基因，转入粮食种子中，使粮食作物在生长过程中产生一种有毒的Bt蛋白，虫子吃了这种蛋白以后，肠道就会溃烂。从而替代杀虫剂起到杀虫作用。 草甘膦是一种广谱除草剂，它传导到植物的根茎叶中，能够抑制植物中某种蛋白质合成酶的产生，使植物无法生长，枯萎而死，施用草甘膦可以使田间寸草不生，但同样会杀死传统农作物。 具有抗除草剂特性的转Ht基因作物，把另一种特定土壤细菌——根癌农杆菌中的一种合成酶的基因，转到粮食作物里面，替代原有的能被草甘膦抑制的蛋白质合成酶，从而使这种作物对草甘膦除草剂产生抗性。 生物技术公司利用转基因技术把植物变成便宜的生物工厂，用来制造荷尔蒙、抗生素、疫苗和其他药物；把两极地区深海鱼类的基因转入西红柿中，能够制造抗冻的转基因西红柿，或者向西红柿中转入抑制乙烯产生的反义基因，可以制造出耐储存的转基因西红柿。 转基因技术听起来非常美好，但事实并非如此，它存在着诸多风险。 在跨国生物技术公司的推动下，一些国家在没有弄清楚转基因风险的情况下，就已经开始种植转基因棉花，转基因大豆和转基因玉米。 1998年8月10号，英国BBC电视台播出了采访世界著名科学家英国罗威特研究所的普兹泰教授的一条震惊世界的消息。普兹泰教授一语震惊世界：“我认为把我们的同胞当作小白鼠进行试验，是非常不公平的。”
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