在临床上，血清淀粉酶常常作为急性胰腺炎诊断的首选指标。胰腺作为人体最重要的消化腺，可以分泌几乎所有的消化酶，其中最重要的就是淀粉酶，胰腺外分泌细胞大量水肿，甚至坏死的时候，里面的淀粉酶没有释放到消化道起到消化的作用，而是直接进入到血液，使血清淀粉酶快速的升高。淀粉酶还可以通过肾小球滤过。
在流行性腮腺炎时，特别是急性胰腺炎时，血和尿中的淀粉酶显著性升高，急性胰腺炎发病后，8-12小时内血清的淀粉酶开始升高，12-24小时达到高峰值，2-5天下降至正常范围，如果超过500U/L即有诊断意义，达到350U/L应该可以怀疑是急性胰腺炎这种疾病。尿淀粉酶约在发病后12-24小时开始升高，下降也比血清淀粉酶要慢，因此发病后测定尿淀粉酶更有价值。急性阑尾炎、肠梗阻、胰腺癌、胆石症、溃疡病穿孔以及吗啡注射后都可以引起血淀粉酶的升高，但常常低于500U/L。
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