益生菌属于较安全的药物，通常可在进餐后数小时服用，服用时间并无严格要求，对胃及肠道不存在较大的刺激。益生菌属于辅助胃肠功能消化、吸收的药物，无严格要求的固定服用时间，但需考虑每天的服用次数。
建议患者在餐后20-30分钟服用益生菌，因为在进食后胃酸被中和，不会杀灭益生菌，可使相关作用维持。若患者空腹服用益生菌，胃酸分泌过多会对益生菌造成影响。此外患者服用益生菌时，水温应避免过高，使用30℃-40℃的温水有利于保持作用，若水温较高会导致益生菌被杀灭而失去作用。此外益生菌需要在低温环境储存，避免过高温度，否则会影响其作用。
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