结核杆菌的检查主要的是病原学的检查。
1、涂片镜检，可以通过痰、尿液、胸水、粪便等各种的分泌物、排泄物以及淋巴结穿刺液的吸引物进行涂片检查。
如果可以查到抗酸杆菌就是阳性，但是阳性率比较低，痰涂片阴性也不能排除肺结核，必须检查连续大于等于三次，可以提高检出率。
2、病原菌的分离，这个分离培养法是高于涂片法，同时也是鉴别非结核分枝杆菌的重要的诊断标准。
3、通过内镜检查，例如支气管镜、胸腔镜、腹腔镜等，对结核病可以提供病原学的诊断。
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