1999年，在东京市地下，发现一巨大天然空洞，且意外掘出一白色巨人（lilith），交给un的生物组织研究，基路为此项目最高负责人。lilith与研究人士接触，她想知道adam和eve（第一、二使徒）现在在何处，因为lilith长期没感应到光之翼的存在，光之翼2000年将在adam身上展开，2015年在eva身上展开，因为人类遍布世界，就要人类帮她寻找adam和eve，研究人士不知其所云。于是lilith告诉他们人类的起源，使徒的真相（人是第十八使徒）以及灵魂的转移、封闭，躯体的复制、s2机关，并且告诉人类怎样可以回归lilith，于是在基路带领下，研究人士成立seele，以回归lilith为信仰，同意帮助行动不便的lilith寻找，条件是找到之后，要lilith发动第二次冲击。lilith同意。因为她想要造出比人更完善的使徒，使肉体和心灵的atf也都消失。lilith担心adam和eva不同意回归态银，于是告诉seele要九部巨大的生命体利用adam的光之翼组成生命之树，控制adam的活动，自己将用光之翼召唤回的隆枪将adam还原成胚胎，强行融合，那么自己就能变大，冲击便可开始。lilith担心eve会来与adam合体，于是告知seele须另造三部巨大的生命体备用，当然关于合体的事lilith并未告诉seele。为对巨大生命体进行研究，seele邀请了当时生物界顶尖人帆谨宴才碇唯和明日香的父亲加入seele。他们还想拉拢冬月，于是让seele中冬月的同僚引见唯给冬月，提交了一份关于形而上理论的报告，吸引他参加，冬月收唯为学生，但没加入seele。（可能因为冬月对此组织不感兴趣）此时碇唯与六分仪元渡已认识，六分仪元渡在生物领域也有一定名气，唯喜欢元渡。元渡意外入狱后，碇唯拜托seele中冬月的同僚让冬月帮忙保释元渡，元渡也为生物方面的高级人才，碇唯和他谈及seele，元渡非常感兴趣，为接近seele更是主动接近唯。 seele在南极找到了亚当夏娃，自己按照lilith的意思只挖出夏娃，为其套上拘束锁，而让亚当继续被封着。seele成立人工进化研究所（空壳公司）对夏娃进行研究。碇唯主攻巨大生命体，而asuka父亲研究复制人。他以自己为蓝本，制出第一薰，胎儿状，无法生长，因为一开始渚薰没有小s2机关和灵魂，是之后才植入的。因为基路要赶时间，于是动用了巨额资金制造巨大生命体。un发现不对，便加以干涉，派出葛城调查团，赶往发现地南极，同时接管研究，seele迫不得已，只能交出夏娃。但因为seele的人在un中晌裂也有一定势力，所以暗中在葛团中掺了自己的人，已知的有元渡，而团长葛城亦是seele派去的。同时，他们带着lilith赶往南极。此时大s2机关已成，巨大生命体被造到12部，碇元渡不时汇报seele葛团的事，seele以lilith告知的冲击日期，在前一天叫碇元渡返回，以便失败时，留下高级人才，15年后继续。而基路为了亲自监督，自己留下，以备不测。其他的seele成员在南极附近的其他地方待命。 2000年8月15日，此时葛城调查团正在商量动力问题及下个月十三号试验的事情。葛成团长叫一部分人将亚当挖出。而光之翼在adam身上就要展开，adam突然发现有12部巨大生命体和lilith在他身旁，就知道lilith要同化，于是召唤夏娃，以便自己和夏娃合体成神抵抗lilith。夏娃挣脱拘束锁（第一次爆炸）全力赶向亚当。不多久，亚当身上的光之翼展开，（第二次爆炸/第二次冲击开始）。两次爆炸间隙，葛城救出葛城美里。光之巨人就是夏娃。九部巨大生命体按照seele的命令冲上去咬住光之翼组成生命之树，进行同化仪式，lilith用隆基奴斯枪使亚当还原为大胚胎。夏娃赶到，lilith叫seele让其余三部巨大生命体阻止夏娃的行动，夏娃瞬间歼灭三部巨大生命体，又冲上来破坏生命之树，其中一部巨大生命体又被夏娃干掉，生命之树遭破坏。lilith看见生命之树已破坏，同时感应到亚当不想回归，又想到人类发展得挺好，若执行回归则又要从头开始，终于收回了自己的反绝对领域，停止冲击。此时正巧陨石袭来，击中lilith，lilith身躯严重损坏，冲击波使周围的一切物体停止活动。基路的脊椎也被伤及，但发现lilith心意已变，奋不顾身赶紧打电话叫seele成员过来处理。[一定有陨石，不然un发布陨石消息，天文学家不可能没有反应，血液不可能染红整个南极，且十五年后仍未退去（见拿隆基奴斯之枪一集）必定是陨石的化学成分与海水反应，生成密度不同的数量巨大的红色液体，形成红色死海，不发生对流。]seele赶到，将不省人事的lilith灵魂移到第一渚薰体内（这就是为什么说渚薰在这天诞生，但此渚薰非彼渚薰），为身躯毁坏严重的夏娃及时套上拘束锁，将八部剩下的巨大生命体还原成大胚胎，加上亚当大胚胎及lilith全部运回，同时没忘带上lilith与夏娃被陨石炸出来的身体残片。 在第二次冲击失败后，seele总结经验，准备在15年后发动第三次冲击。2001年，seele发动战争，以便在联合国内拥有更大的权力，让人工进化研究所保管部分重要东西（灵魂被分离的莉莉斯、开始自然生长的第一渚薰、残缺身躯的夏娃、只保留了夏娃的记忆），研究夏娃和莉莉斯，开发技术，模仿它们，制造更完善的巨大生命体，一方面为12部第三次冲击用的作准备，另一方面为e计划（仿制夏娃计划）制造eva（eva为eve的异体），作为处理第二次冲击失败后残留的巨大生命体之用，编制谎言，骗取经费（十分关键），掩人耳目，他们让碇唯将夏娃改造成初号机。并且seele让人在lilith头上钉上印有seele标志的面罩（seele把自己当成神了）。seele自己将亚当大胚胎带回（另一把隆抢弃在南极）。明日香父亲因跟随seele而离开了人工进化研究所，他用南极lilith身体的残片，造出第二渚薰，将adam大胚胎中的亚当灵魂植入，封住记忆。seele用夏娃的残片修复改善了八部巨大生命体其中的一个，分离隆枪，将亚当身体内的s2机关植入（这个就是力天使），再将亚当身躯彻底还原成小胚胎，保证亚当的三部分分离，容易控制。seele命令碇唯制造小s2机关，准备给两个渚薰使用，以防渚薰出意外而保不住两个重要灵魂，seele打算在碇唯完成小s2机关后把第二渚薰送到人工进化研究所做s2机关植入手术，之后就让渚薰呆在那儿，让元渡秘密抚养两个渚薰。当时seele对碇元渡是极其信任的，碇唯也在，seele就对人工进化研究所十分放心。虽然后来碇唯“死”了，但碇元渡却主动提出要执行第三次冲击，所以未让seele起疑心，同时seele认为碇元渡知道的并不多。seele当然要封闭lilith和亚当的记忆，方法十分简单：命令元渡给他们吃封闭记忆的药。15年后seele准备这样做：按照即定时间处理完“使徒”之后，待光之翼在夏娃身上展开，让被控制的莉莉斯灵魂回归身躯，使被控制的亚当灵魂、身躯及生命之果融入莉莉斯，莉莉斯变大，让巨大生命体将夏娃强行拖入lilith体内，回收灵魂，莉莉斯的记忆能通过夏娃恢复，让其重新造人，这便大告成功。seele将这一计划通过书面形式确定下来，这便是所谓的死海文书。后来seele没想到碇元渡竟然自己有动作，这个计划也不得不相应地作了变更。 2002年，唯和元渡结婚（01年时已生下碇真嗣）。冬月耕造为调查第二次冲击而前往南极，碇元渡陪同，元渡将结婚一事告诉冬月。为治好葛城美里的失语症，带她随船同去。联合国则发表公报，将第二次冲击所有事故全都推到质量极大的殒石撞击南极。后来的教科书也按此编写，并删去了战争的部分。但由于某些原因，seele对内作了一番号称是真相的谎言：2015年人类的敌人——使徒将会出现，使徒的头儿——亚当已在2000年被我们抓住，它们的目标就是亚当，当使徒与亚当接触便会发生冲击，eva是亚当的复制，所以也存在着eva与亚当接触或eva与使徒接触引发冲击的可能性。元渡当然也在“对内”之列。但其实元渡通过碇唯什么都知道。 2003年，碇元渡任研究所所长。冬月造访于箱根的联合国人工进化研究所，见到了源堂。冬月知道了一部分南极事故的真相，质问元渡，被元渡搪塞。源堂为吸引冬月加入，带他参观人工进化研究所。冬月见到了研究magi的直子，后又见到了e计划，很感兴趣，加入。另一面，碇唯越来越喜欢碇真嗣了，甚至让真嗣玩起了开发至一半的小s2机关。她了解到seele的计划后（别忘了，碇唯是seele的人），打算阻止他们毁灭人类（很大程度上因为真嗣），她通过巨大生命体和s2机关的研究得知了成神之道，于是想让亚当夏娃合体成莉莉斯的等同，即所谓实行成神之道，那么即使seele使莉莉斯恢复，初号机也能和lilith对抗，则seele的计划自然泡汤。于是想出了一套方案。seele早晚会送来第二渚薰（亚当灵魂），然后先偷来亚当胚胎，再等冲击当天seele派来力天使，在力天使融入lilith前让初号机吞获亚当的生命之果和获得完整身躯，再加上已有的亚当身躯及亚当灵魂，则就能使亚当夏娃合并成与莉莉斯同等的地位。为了实现这一计划，唯打算将自己融入初号机，以便自己能与夏娃的灵魂商量，她从seele那儿得知第二次冲击的失败是由于亚当夏娃不同意回归耽误了时间而引起的，所以自己与夏娃共生的机会很大，同时顺便能让自己的儿子碇真嗣来驾驶，唯没有再要出初号机的意思。唯曾将她的计划说给元渡听，但元渡被直子迷惑，未理睬，唯再将计划说给冬月听，冬月想了解真相又十分喜欢她，欣然接受。这年，碇唯的小s2机关研制成功，seele带来第二渚薰，两个小s2机关分别给第一第二渚薰植入。
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