故事开始在地中海的里斯本，主人公拉斐尔为证明自己出海周游世界。在的黎波里附近遇海雷丁，与他同盟。亚历山大收到铁礼列后可装二层装甲。伊斯坦堡同业公会让我去亚洲找药，在杭州同业公会买到华佗的中药后交给他，出现遗迹，得黄铜制煤油灯。在雅典得知霸者之证线索在非洲，来到非洲。
在圣乔治接到命令回里斯本，在里斯本王宫，阿博科鲁克提督让我与西鲁韦拉合作消灭埃斯皮诺沙商会。回圣乔治，酒吧女让我找高丽青瓷香炉给她，在卢安达附近遇海盗，打败海盗后得高丽青瓷香炉，交给酒吧女，出现遗迹，得神秘石板上半部。
向埃斯皮诺沙宣战，打败他后得知非洲总督府搬到索法拉，到索法拉，西鲁韦拉把我在索法拉的占有率抢走，向他宣战，胜之得神秘的石板下半蚂裂兆部。
去印度洋，索哥德拉的码头遇伍丁，他约我在巴斯拉的同业公会见。在巴斯拉与伍丁结盟对付纳哥普尔。
巴斯拉的酒吧女要求我去找陶瓷的耳环，在卡利亥特的同业公会买到后交给她，出现遗迹。到附近的港口的酒馆里得知巴斯拉酒馆老板找，回巴斯拉，他让我去救遗迹中被诅咒的人，第二次去酒馆他告诉我救人必须要有某一种香料和天方夜谭。
在非洲买到乳香，带着天方夜谭去巴斯拉遗迹，得贵霜朝的大盘。在势力第一时伍丁会给我不枯萎的莲叶。
去东南亚，阿镇出港时得知葡萄牙投降了西班牙，但决定先不回去。在麻六甲，普雷依拉让我先闷租去东亚取霸者之证。把誓言戒指的剧本(易安在卡利亥特广场得到)交给酒吧女，出现遗迹，如果有印度洋的霸者之证可得古代王国钱币。
到东亚，在澳门，李华梅让我帮她消灭来岛，作为交换她会给我细竹编的绘图。在泉州广场，奇怪的老人看了我非洲的霸者之证后让我去山东南部找忽必烈的大刀(南纬34东经120)。在大阪和来岛冲突，交战，胜之得知李华梅在杭州。
在杭州，她给我竹艺品的组合说明书。把细雪的长袍(斯德哥尔摩的同业公会买到)交给大阪的酒吧女，她让我去印度买纱布，买来纱布后又让我去地中海买葡萄酒(都只要一个船舱)，买来后出现遗迹金阁寺，和尚告诉我霸者之证的线索在东北的村庄。
到科尔夫(北纬60东经165)，途中可在北海道补给一下(北纬42东经141)，得唐代的竹艺品。
带着东亚霸者之证(或只要竹艺品的组合说明书即可)回麻六甲，普雷依拉让我去地中海打败巴鲁迪斯积累经验，再回来打库恩。
到地中海，在里斯本决定与巴鲁迪斯决战，国王召见，告诉我集齐七个霸者之证葡萄牙即可独立。到塞尔维亚与西班牙贵族冲突，约定海上见。出港即交战(此仗非常难打，前后共有四支舰队，建议先存档)，胜之得画有图案的布。
回东南亚，向库恩宣战，胜之得装有乳液的壶。
到新大陆，在哈瓦那同业公会，村民让我去遗迹，但要先找托拉洛克的小刀(北纬22西经97)，找到后去广场，村民传授我工夫。去遗迹得到典礼用的小刀。在哈瓦那和委拉克路斯的码头分别听到新大陆两大势力将联合对付我，向他们宣战。
势力第一时可得太阳圆纹的刀鞘。在哈瓦那上方有一条航线，沿着上去发现城市朋沙科拉，见到夏洛特。第二次去时决定帮她建交易所，到伯南布哥买来一个船舱木材，在委拉克路斯买来一个船舱玉蜀忝后，去别的城市转一圈，过一个月再去(船上必须有货物)，
发生剧情，出现交易所，不断投资后总督府，旅馆，广场，造船厂等都陆续出现。到哈瓦那的旅馆，看到夏洛特给我的信，让我等葡萄牙脱离西班牙统治后再去找她。
去北海，把彩虹色的玻璃珠交给伦敦的酒吧女，在码头得知伦敦同业公会找。去同业公会，老板让我去遗迹查探。从遗迹出来后依次去码头，酒馆，码头，遗迹，得老旧的羊皮纸。势力和金钱第一后去阿姆斯特丹，丽璐给我红色的染料。
找齐七个霸者之证后去里斯本王宫出现结局画面。
扩展资料：
大航海4拉斐尔人物设定：
葡萄牙中产阶级出身。是家中的源局次子，有一个年长很多的哥哥。由于父亲年纪很大才有了他，所以收到百般呵护。他喜欢父母、哥哥还有家里的仆人，觉得非常需要他们，但是因为大家对自己过于照顾，所以渐渐想要尽快独立。兴趣是拉小提琴和读书。
向往骑士般的传奇和冒险。和库拉乌迪10岁时就认识。库拉乌迪的父亲来拉斐尔家工作时，为了让库拉乌迪学习和帮忙，把他也带来了。
库拉乌迪看见拉斐尔拿着书，说“我知道比那还有趣的故事”，然后把他从父亲那里听到的稀奇古怪的故事绘声绘影的讲给拉斐尔听。从此开始了他们的交情。
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