消毒剂有多种分类方法，如依据化学成分分类、依据消毒效果分类等，大部分消毒剂按照消毒效果可以分为四种，如灭生消毒剂、高效消毒剂、中效消毒剂、低效消毒剂。
1、灭生消毒剂：包括甲醛、戊二醛、环氧乙烷等，可以杀灭一切微生物，达到灭菌要求；
2、高效消毒剂：包括如过氧乙酸、二氧化氯、次氯酸钠、二氯二甲基乙内酰胺等，可杀灭一切细菌繁殖体、病毒、真菌及其孢子；
3、中效消毒剂：包括乙醇、氯己定、碘伏等，不能杀死细菌芽孢，但能杀死细菌繁殖体、真菌和大多数病毒；
4、低效消毒剂：包括苯扎溴铵、苯扎氯氨、苯酚等，可杀灭多数细菌繁殖体、部分真菌和病毒，但不能杀灭细菌芽孢、结核杆菌以及某些真菌和病毒。
不同的消毒剂适合用场合不同，如手术室、医疗器材等灭菌应使用灭生消毒剂，医疗场所等常使用高效消毒剂，皮肤消毒常用中效消毒剂，清洁伤口时常用低效消毒剂。
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