做核酸检测大多数情况下痛苦程度很低，核酸检测一般会取咽拭子或者鼻咽拭子，取这些标本对患者的影响并不大，患者可能仅仅表现为恶心等轻微的不适症状，通常不会造成太大的痛苦，也不会造成严重的后果。
核酸检测除了可以取咽拭子，或者鼻咽拭子以外，有的时候也会留取痰液做核酸检测，甚至有的时候还会留取肺泡灌洗液做核酸的检测。
如果需要留取肺泡灌洗液做核酸检测，患者往往有一定的痛苦，因为留取肺泡灌洗液需要做纤维支气管镜检查，而纤维支气管镜会导致一定程度的痛苦。
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