扁平苔藓的治疗需要根据病因及病情程度选择合适的方式，多数患者需要选择药物对症治疗，对于病灶局限者可进行局部治疗，辅助以物理治疗提高疗效，对于有恶变倾向者选择手术治疗。
本病的治疗周期为4~6周左右。
一、一般治疗
患者应该注意情绪稳定，适当休息、改善营养、移除感染病灶、纠正胃肠功能紊乱等。
避免或去除诱发因素，如慢性病灶、药物、刺激性食物、精神压力及物理因素等。
二、药物治疗
1、维A酸：是体内维生素A的代谢中间产物，主要用于抑制色素沉着。
能引起皮肤黏膜干燥、脱屑、恶心、呕吐及食欲不振、头痛、头晕及肌肉关节疼痛等不良反应。
2、糖皮质激素：泼尼松等糖皮质激素可使急性广泛型损害迅速减轻，先用较大剂量，症状好转后改用维持量，直到皮疹消失。
有严重黏膜损害或皮疹时也可应用，但不能长期大量滥用，易出现内分泌紊乱、脂代谢异常等并发症。
3、免疫抑制剂：沙利度胺治疗口腔扁平苔藓有效。
麦考酚吗乙酯、环孢素是特异性可逆性抑制T细胞活性的免疫抑制剂，对较严重的扁平苔藓都有效。环磷酰胺口服可应用于其他疗法无效的严重病例。甲氨蝶吟等免疫抑制剂对疣状扁平苔藓往往有较好的疗效。
但在治疗期间注意监测生化功能，避免出现肝肾损伤。
4、维生素：维生素中常被应用的有维生素B1、B12，烟酸，复合维生素B及维生素C。
其中维生素B族有助于提高皮肤免疫力，避免皮脂腺的损伤。
维生素C有助于避免皮肤色素沉着，促进伤口恢复。
5、氯雷他定：是第二代的抗组织胺药物，通过拮抗组胺抑制炎症反应，能减轻精神紧张状态及减轻痒觉，可以选用。
不良反应偶有口干、头痛等。偶见肝功能异常，罕见多形红斑及全身过敏反应。
三、手术治疗
局部组织切除术：适用于有恶变倾向的患者，通过手术将坏死组织彻底切除，注意取切口边缘组织进行病理学检查，避免有坏死残留导致病情进展和转移。
四、物理治疗
1、激光治疗：二氧化碳激光或YAG激光治疗肥厚性斑块及疣状增生性扁平苔藓，有助于清除皮损，但瘢痕体质避免使用，有可能导致色素沉着。
2、光化学疗法：简称PUVA，这种方法是将口服或外用补骨脂素与长波紫外线照射联合应用。
长波紫外线比中波紫外线的穿透性好。补骨脂素可以增加人体皮肤对紫外线的敏感性。
但使用补骨脂素后要注意避免日晒。长期用该方法治疗可能增加皮肤鳞状细胞癌和黑素瘤的危险。
3、冷冻治疗：适于病灶较小，且局限的患者，通过液氮将坏死组织冷冻，可使其自行脱落。可有局部的轻微疼痛，一般无后遗症。
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