《进击的巨人》真相就是：
若干年前，人类发现了巨猿人一族，想将之用于军事的贵族领导者们提取了它们的DNA进行试验，经过多年的研究，终于研究出了可气化成巨人的病毒血清，但是这是不成熟的，成功率很低，副作用大，结果由此产生了一大批失败品，这些失败品就是巨人。
不知何种原因，血清变异了，产生了可传染的病毒，于是大批巨人就此诞生了，而阿尼她们是其中成功控制病毒的巨人。
主角的父亲研究出了成熟的巨人血清，并注射给了主角，这也是阿尼她们想抓住主角的原因。至于那个有智慧的巨猿人，则是纯种的巨人一族进化后的样子，它们似乎对人类的发明很感兴趣，估计后面会发展成与巨猿人的战斗。
巨人战争的起因：
马莱政府发现，帕拉蒂岛本身以及地下埋藏有大量的天然资源化石燃料丰富的矿产天然气和石炭与化石燃料以及能源资源等等，为应对即将到来的能源争夺时代，马莱政府声称接到弗利兹王的战书。
因此要在收容区的艾尔迪亚人中挑选5至7岁的儿童继承巨人之力，去帕拉蒂岛寻找并争夺始祖巨人，以此削弱艾尔迪亚的军事实力，争夺帕拉蒂岛。艾尔迪亚复权派领袖格里沙决定派儿子吉克参选，希望吉克能抢在马莱政府之前夺取始祖巨人之力。
然而吉克却向马莱政府举报了艾尔迪亚复权派，艾尔迪亚复权派全员被马莱政府带到帕拉蒂岛。除格里沙和格莱斯（生死不知）外，其他人均被变成无垢巨人。
艾伦·克鲁格向格里沙表示自己就是提供讯息给复权派的内应“枭”。艾伦·克鲁格变成巨人，消灭了全部押送艾尔迪亚人的马莱士兵。自知命不长久的艾伦·克鲁格将格里沙变成无垢巨人后吃掉自己以获取“进击的巨人”的力量，借此夺取始祖巨人的力量。
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